A computational tool for protein sequencing that integrates peptide spectrum matching and de novo sequencing
thesis · 2025
| Date | 2025-01-01 |
| Type | thesis |
| Publisher | MSc thesis |
| Contribution | post-processor |
| Link | https://arca.fiocruz.br/handle/icict/74403 |
| Citations (OpenAlex) | 0 |
Abstract
O sequenciamento de proteínas é uma metodologia de grande importância para a biotecnologia, como na identificação de biomarcadores, anticorpos ou para caracterização de patógenos em que seu proteoma é pouco conhecido. O aprimoramento da análises de sequenciamento de proteínas é crucial para avançar a compreensão dos processos biológicos, e no desenvolvimento de medicamentos terapêuticos semelhantes a anticorpos e a criação de novas aplicações biotecnológicas. Desenvolvemos o Sequence Assembler (SA), uma ferramenta para analisar dados do sequenciamento de proteínas usando peptide spectrum matching (PSM) e dados de sequenciamento de novo como entradas. O SA interage perfeitamente com ferramentas de proteômica amplamente adotadas, como PEAKS, Novor e PatternLab V para obter sua entrada. Nosso software oferece uma interface acessível e intuitiva, aprimorando sua usabilidade. Demonstramos sua eficácia analisando a bem conhecida Albumina de Soro Bovino (BSA) e o anticorpo monoclonal trastuzumabe, que foram submetidos a múltiplas digestões enzimáticas. As amostras foram analisadas por espectrometria de massa em tandem usando o Orbitrap Fusion Lumos. Nosso algoritmo produziu resultados comparáveis às principais ferramentas, como Stitch e Dips, com resultados variando com base nas configurações de limite. No entanto, o SA se destaca por sua interface gráfica amigável, instalação com um clique e fluxo de trabalho simplificado, tornando-o uma opção mais acessível e eficiente para pesquisadores em vários domínios da proteômica.
Methods and tools
- SequenceAssembler: Post-identification tool that assembles full-length protein sequences by unifying peptide-spectrum matching (PSM) and de novo sequencing outputs from Novor Cloud, PEAKS Studio, and PatternLab for Proteomics; one-click GUI and comparable in performance to Stitch.